La loi de finances pour 2004 a institué un statut spécifique de « jeune entreprise innovante réalisant des projets de recherche et de développement », ouvrant droit à des exonérations fiscales et sociales.
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Les dirigeants qui envisagent d’appliquer, avant la clôture de leur exercice, l’exonération JEI ont tout intérêt à solliciter l’avis des services fiscaux pour s’assurer que leur entreprise répond bien aux critères imposés pour en bénéficier. En effet, comme nous l’avons vu, en cas d’avis favorable du fisc, les cotisations sociales exonérées n’ont pas à être reversées - sauf si la bonne foi de l’entreprise est remise en cause - , même s’il s’avère qu’à la clôture de l’exercice l’entreprise ne remplit finalement pas les conditions fixées par le Code général des impôts (CGI) pour obtenir le label « JEI ».
Une économie substantielle, d’autant que, dans l’hypothèse où l’entreprise n’aurait pas procédé à cette demande auprès du fisc, elle se verrait contrainte de reverser les cotisations exonérées à tort, auxquelles pourraient, le cas échéant, s’ajouter les pénalités et majorations de retard.
Rappel : pour mettre en œuvre cette procédure dite de rescrit fiscal, l’entreprise doit adresser, par voie postale en recommandé avec accusé de réception (ou par remise directe contre décharge), une demande auprès de la direction des services fiscaux du département dans lequel elle dépose ses déclarations de résultat. Cette demande, qui peut être effectuée à n’importe quel moment, doit être formulée à l’aide du formulaire mis en ligne par l’administration sur le site www.impots.gouv.fr. La direction des services fiscaux dispose alors d’un délai de 4 mois à compter de la réception du dossier complet pour répondre à l’entreprise. Et à l’issue de ce délai de 4 mois, le silence observé par l’administration vaut accord tacite.
Ainsi, les entreprises placées sous ce statut de « jeune entreprise innovante » (JEI) bénéficient des allègements fiscaux suivants :- exonération totale d’impôt sur les bénéfices des résultats des trois premiers exercices bénéficiaires et application d’un abattement de 50 % au titre des deux exercices bénéficiaires suivants ; 
exonération totale d’imposition forfaitaire annuelle durant toute la période d’application du statut spécial ; sur délibération des collectivités territoriales, exonération pendant 7 ans de taxe foncière sur les propriétés bâties et de taxe professionnelle ; sous certaines conditions, exonération des plus-values de cession de parts ou actions de JEI détenues par des personnes physiques.
La loi prévoit également que les JEI créées à compter du 1er janvier 2004 pourront obtenir le remboursement immédiat du crédit d’impôt recherche constaté au titre de l’année de leur création et des deux années suivantes.
Par ailleurs, les jeunes entreprises innovantes bénéficient pendant 7 ans à compter de leur création d’une exonération des cotisations patronales de Sécurité Sociale sur les rémunérations des personnels participant à la recherche.
Pour y avoir droit, les entreprises existant au 1er janvier 2004, ainsi que celles créées entre cette date et le 31 décembre 2013, doivent toutefois respecter un nombre important de conditions qui déterminent l’obtention du label JEI, à savoir : employer moins de 250 personnes ; réaliser un chiffre d’affaires inférieur à 40 M€ (millions d’euros) ou disposer d’un total de bilan inférieur à 27 M€ ; être « âgées » de moins de 8 ans ; consentir un certain volume de dépenses de recherche, représentant au moins 15 % des charges totales de l’exercice ; être indépendantes, c’est-à-dire être détenues majoritairement par des personnes physiques, directement ou via un niveau d’interposition, par des associations ou fondations reconnues d’utilité publique à caractère scientifique, par des établissements publics de recherche et d’enseignement et par des entreprises du secteur du capital-risque (sous réserve de ne pas en dépendre) ; créer ou avoir créé une activité réellement nouvelle.
Cette exonération porte sur les cotisations patronales dues au titre des assurances sociales, des allocations familiales, des accidents de travail et des maladies professionnelles. Elle est en principe applicable aux gains et rémunérations versés à compter du 1er janvier 2004 par les entreprises innovantes existant à cette date. Toutefois, pour les entreprises d’au plus 9 salariés pratiquant le décalage de la paie, l’exonération est applicable aux gains et rémunérations versés à compter du 16 janvier 2004.
Les emplois concernés
• L’exonération n’est pas applicable à tout le personnel de l’entreprise, mais seulement à certaines catégories de salariés exerçant des fonctions précises dans l’entreprise, à savoir : les chercheurs, cadres dans l’entreprise, c’est-à-dire les scientifiques ou les ingénieurs travaillant à la conception ou à la création de connaissances, de produits, de procédés, de méthodes ou de systèmes nouveaux ;
À noter : sont assimilés aux ingénieurs les salariés qui, sans posséder un diplôme d’ingénieur, ont acquis cette qualification au sein de leur entreprise.
les techniciens, à savoir les personnels travaillant en étroite collaboration avec les chercheurs pour assurer le soutien technique indispensable aux travaux de recherche et de développement et qui, notamment, préparent les substances, les matériaux et les appareils pour la réalisation d’essais et d’expériences, prêtent leur concours aux chercheurs pendant le déroulement des essais et des expériences ou les effectuent sous leur contrôle, ont la charge de l’entretien et du fonctionnement des appareils et des équipements nécessaires à la recherche et au développement ; les gestionnaires de projet de recherche et de développement, cadres dans l’entreprise, qui ont en charge l’organisation, la coordination et la planification du projet dans ses aspects administratif, financier et technologique ; les juristes chargés de la protection industrielle et des accords de technologie liés au projet, cadres dans l’entreprise, qui ont la charge de l’élaboration du dépôt, de la gestion et de la défense des titres de propriété industrielle, des accords juridiques de toute nature liés au projet, et notamment aux transferts de technologies ; les personnels chargés des tests préconcurrentiels, c’est-à-dire ceux qui conçoivent, réalisent ou font réaliser des tests techniques nécessaires au développement ou à la mise au point du produit ou du procédé.
• Par ailleurs, l’exonération porte également sur les gains et rémunérations versés aux mandataires sociaux qui participent, à titre principal, au projet de recherche et de développement de l’entreprise. Plus précisément, le décret désigne les mandataires sociaux suivants : les gérants minoritaires ou égalitaires de société à responsabilité limitée (SARL) et de société d’exercice libéral à responsabilité limitée (Selarl) ; les présidents-directeurs et directeurs généraux de société anonyme (SA) ; les présidents et dirigeants de société par actions simplifiée (SAS).
Précision : ces mandataires sociaux sont réputés participer à titre principal au projet de recherche et de développement de l’entreprise s’ils exercent, en son sein, une activité de recherche ou une activité de gestion de projet.
Pour bénéficier de cette exonération, l’entreprise doit, à la clôture de l’exercice, remplir plusieurs conditions énoncées par le Code général des impôts, notamment une condition d’effectif et une condition relative aux obligations sociales qui ont fait l’objet de précisions.
L’entreprise ne peut bénéficier de l’exonération que si elle emploie moins de 250 salariés. Pour apprécier ce seuil d’effectif, il convient de prendre en compte la moyenne des effectifs de l’entreprise déterminés chaque mois, tous établissements confondus, au cours de chaque exercice. Cette limite étant déterminée selon les règles prévues par le Code du travail.
En pratique, sont pris en compte dans l’effectif : les salariés titulaires d’un contrat à durée indéterminée à temps plein et les travailleurs à domicile ; les salariés titulaires d’un contrat à durée déterminée, les salariés titulaires d’un contrat de travail intermittent, les travailleurs mis à la disposition de l’entreprise par une entreprise extérieure, y compris les travailleurs temporaires, mais uniquement au prorata de leur temps de présence au cours des 12 mois précédents. Toutefois, les salariés titulaires d’un contrat à durée déterminée, d’un contrat de travail temporaire ou mis à disposition par une entreprise extérieure sont exclus du décompte des effectifs lorsqu’ils remplacent un salarié absent ou dont le contrat de travail est suspendu ; les salariés à temps partiel, quelle que soit la nature de leur contrat de travail. Dans cette hypothèse, ils sont pris en compte en divisant la somme totale des horaires inscrits dans leurs contrats de travail par la durée légale ou conventionnelle du travail.
À savoir : les salariés absents ou dont le contrat de travail est suspendu sont pris en compte dans l’effectif dès lors qu’ils perçoivent une rémunération.
En revanche, ne sont pas pris en compte dans le calcul de l’effectif : les apprentis, les titulaires d’un contrat de qualification, d’orientation, d’adaptation, jusqu’au terme prévu au contrat ou, à défaut, jusqu’à l’expiration d’une période de 2 ans à compter de sa conclusion ; pendant toute la durée du contrat, les bénéficiaires d’un contrat emploi consolidé (CEC), d’un contrat emploi solidarité (CES), d’un contrat d’accès à l’emploi et d’un contrat d’insertion - revenu minimum d’activité (Cirma) ; enfin, les futurs titulaires du contrat de professionnalisation, jusqu’au terme prévu par le contrat lorsque celui-ci est à durée déterminée ou jusqu’à la fin de l’action de professionnalisation lorsque le contrat est à durée indéterminée.
L’entreprise doit être à jour de ses obligations de déclaration et de paiement des cotisations à l’égard de l’Urssaf ou, le cas échéant, de la Mutualité sociale agricole (MSA).
Sont pris en compte pour l’application de cette condition : les cotisations de Sécurité Sociale et contributions à la charge de l’employeur et du salarié, les cotisations et contributions au Fonds national d’aide au logement (Fnal), ainsi que le versement de transport.
En pratique : cette condition est appréciée au titre des cotisations et contributions dues sur les gains et rémunérations versés aux salariés de l’entreprise échues : à la date à laquelle l’entreprise applique pour la première fois l’exonération ; puis à chacune des dates d’exigibilité suivantes de versement de ces cotisations et contributions.
Et si cette condition n’est plus remplie, le droit à l’exonération n’est alors pas applicable aux gains et rémunérations versés à compter du premier jour du mois suivant la date à laquelle cette condition n’est plus remplie. Le droit à l’exonération ne renaissant alors qu’à partir du premier jour du mois suivant celui au cours duquel la condition est à nouveau remplie.
Attention : en cas de contestation de la dette par l’employeur, cette condition n’est réputée remplie qu’à compter du paiement intégral de cette dette à titre provisionnel ou après décision de sursis à poursuite ou délais de paiement accordés selon les modalités prévues par le Code de la Sécurité Sociale.
• L’exonération porte sur la totalité des cotisations patronales d’assurances sociales (maladie, maternité, invalidité-décès, vieillesse), d’allocations familiales et d’accidents du travail et maladies professionnelles.
En revanche, l’exonération ne porte pas sur les cotisations supplémentaires d’accidents du travail ou de maladies professionnelles.
Remarque : cette exonération ne porte pas non plus sur la nouvelle cotisation solidarité-autonomie applicable depuis le 1er juillet dernier.
• L’exonération n’est applicable que si l’entreprise a bien la qualité de jeune entreprise innovante. Et cette qualité s’apprécie à la clôture de l’exercice. Étant précisé que si l’entreprise n’est pas une jeune entreprise innovante à la clôture d’un exercice, elle perd alors définitivement le droit à l’exonération.
Et étant souligné que l’entreprise peut à tout moment s’assurer auprès de la direction départementale des services fiscaux du département dont elle relève qu’elle remplit bien les conditions pour bénéficier du statut de jeune entreprise innovante.
À noter : les services fiscaux ont alors l’obligation d’informer l’Urssaf des suites données à cette demande de l’entreprise.
Trois situations peuvent donc se présenter en pratique : soit l’entreprise a appliqué l’exonération sans attendre la clôture de l’exercice et a obtenu, avant cette clôture, un avis favorable de la direction départementale des services fiscaux, sans que sa bonne foi ait été remise en cause ultérieurement. Dans ce cas, si à la clôture de l’exercice considéré l’entreprise ne constitue pas une jeune entreprise innovante, le droit à l’exonération sociale cesse définitivement d’être applicable, mais seulement à compter du premier jour du mois civil de l’exercice suivant. L’entreprise n’a, en revanche, pas à reverser les cotisations exonérées de l’exercice en cause ;
Attention : en revanche, si la bonne foi de l’entreprise est remise en cause par la direction des services fiscaux, l’avis favorable qu’elle a rendu est réputé ne pas être intervenu et, par conséquent, l’entreprise ne peut s’en prévaloir. L’entreprise est donc tenue de reverser les cotisations indûment exonérées.
soit l’entreprise a appliqué l’exonération sans attendre la clôture de l’exercice pour connaître sa qualité de jeune entreprise innovante et ne peut se prévaloir, au titre de cet exercice, d’un avis favorable de la direction départementale des services fiscaux (elle n’a pas sollicité cet avis, a obtenu un avis défavorable ou a obtenu cet avis favorable mais sa mauvaise foi a été démontrée postérieurement). Dans ce cas, si l’entreprise n’a pas la qualité de jeune entreprise innovante à la clôture de l’exercice considéré, elle est dans l’obligation de reverser les cotisations indûment exonérées au cours de l’exercice ; soit enfin l’entreprise attend de connaître sa qualité de jeune entreprise innovante à la clôture de l’exercice pour appliquer l’exonération. Dans ce cas, elle doit demander le remboursement des cotisations indûment versées à l’organisme de recouvrement des cotisations.
Attention : l’entreprise doit informer immédiatement l’organisme chargé du recouvrement des cotisations de toute modification de sa situation remettant en cause sa qualité de jeune entreprise innovante.
• L’exonération est appliquée à titre provisionnel au cours de chaque mois civil aux salariés ouvrant droit à l’exonération, dont le contrat de travail est en cours d’exécution ou suspendu au premier jour du mois civil, et aux mandataires sociaux ouvrant droit à l’exonération.
À noter : les salariés employés dans le cadre d’un contrat de travail à temps partiel sont décomptés au prorata du nombre d’heures de travail prévu dans leur contrat de travail, heures complémentaires comprises, sur la durée du travail à temps plein applicable dans l’établissement et appréciée sur la même période.
Une régularisation intervient ensuite, au plus tard dans les trois mois qui suivent la clôture de l’exercice, en fonction de l’effectif moyen de l’exercice écoulé, calculée selon les règles prévues par le Code du travail.
Le non-cumul de l’exonération jeune entreprise innovante avec d’autres dispositifs
L’exonération applicable aux jeunes entreprises innovantes ne peut être cumulée, au titre d’une même période et pour l’emploi d’un même salarié, ni avec une autre exonération totale ou partielle de cotisations patronales de Sécurité Sociale, ni avec une aide de l’État, ni avec l’application de taux spécifiques, d’assiettes ou de montants forfaitaires de cotisations. Une option entre ces différentes mesures d’allègement est toutefois possible.
En pratique : l’option en faveur de l’exonération des jeunes entreprises innovantes s’effectue salarié par salarié et non globalement au niveau de l’entreprise. Et attention, lorsqu’il opte pour l’exonération des jeunes entreprises innovantes, l’employeur renonce définitivement aux autres mesures d’allègement, à l’exception de la réduction générale « Fillon ».
Décret n° 2004-581 du 21 juin 2004, JO du 22 Circulaire DSS n° 305/2004 du 29 juin 2004
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